一、面向21世纪的建设目标和发展规划
1998年，中国科大迎来了建校40周年。中共中央总书记、国家主席江泽民为中国科大建校40周年题词“面向二十一世纪，建设一流大学，培育一流人才”，全国人大常委会委员长李鹏题词“庆祝中国科学技术大学四十周年，为国家科教事业做出新贡献”，原全国人大常委会委员长乔石，原国务委员张劲夫，全国人大常委会副委员长周光召、彭珮云、吴阶平，全国政协副主席钱伟长、李贵鲜、朱光亚，中科院院长路甬祥、教育部部长陈至立、安徽省委书记回良玉等题词或致信祝贺。
1998年底至1999年初，中国科大党政领导班子按照江泽民总书记为中国科大40周年校庆题词的要求，结合教育部面向21世纪教育振兴行动计划的实施和中国科学院知识创新工程试点工作，组织全校上下集思广益，提出了学校面向21世纪建设一流大学的发展目标：即到2018年建校60周年前后，把学校建成规模适度、质量优异、结构合理、特色鲜明的一流研究型大学，成为与中科院和其他专业研究院、所及高科技企业相结合，面向全国培养具有创新能力和现代知识结构的一流人才，具有较强知识创新和技术创新能力的教育与科研基地。同时，学校还组织力量，广泛发动师生员工，研究制定了中国科学技术大学建设世界知名的高水平大学规划。
2006年12月22日，经中国科学院院长办公会议批准，《中国科学技术大学“十一五”期间建设与发展规划》正式发布实施。《规划》指出，“十一五”期间，学校将贯彻“质量优异、特色鲜明、规模适度、结构合理”和“全院办校、所系结合”的办学方针，推进一流研究型大学建设，为在2018年前后建成一流研究型大学奠定良好的基础，为我国实施科教兴国战略和实现建设创新型国家的战略目标做出积极的贡献。
二、中国科学院、教育部、安徽省人民政府重点共建
1999年2月1日，中科院副院长白春礼等专程来安徽与安徽省委副书记、常务副省长汪洋和副省长蒋作君等进行会谈，就中科院和安徽省共同支持中国科大建设世界知名的高水平大学达成了一致意见。3月12日，教育部部长陈至立、党组副书记副部长吕福源、中科院院长路甬祥、副院长白春礼、安徽省委副书记常务副省长汪洋、副省长蒋作君等，就共同加大力度支持中国科大建设世界知名的高水平大学，在北京举行了三方会谈。会谈中，三方领导对中国科大40年来的办学成就及其形成的特色和优势，给予了充分肯定和高度评价。三方同意中国科大提出的学校发展定位和建设目标，一致表示加大力度支持中国科大建设，并就领导体制、建设资金及投资安排和启动工作等达成了一致意见。7月25日，教育部、中国科学院、安徽省人民政府签署重点共建中国科学技术大学协议，并联合发出《关于重点共建中国科学技术大学的决定》。陈至立、路甬祥、王太华分别代表三方在协议书上签字，决定共同支持中国科大在21世纪初建成世界知名的高水平大学。
根据协议，除对学校的正常经费安排外，在1999年至2001年三年内，教育部、中国科学院和安徽省分别向中国科大投入建设经费3亿元人民币。三方还将根据三年中学校改革与发展的情况，在2001年后继续给予必要的支持。中国科学院、教育部和安徽省将积极支持中国科大为深化教育和科技体制改革进行新的探索，中国科学院同意在中国科大高等研究院的基础上进一步整合中国科学院在合肥地区的力量，促进教育与科技相结合；安徽省积极推进中国科大参与其省内高校布局结构调整和教育资源的优化配置，为提高安徽省高等教育的整体水平和办学效益发挥龙头和示范作用；教育部将在中国科大参与面向21世纪教育振兴行动计划各个项目的竞争中，根据条件和可能给予政策上的支持。三方将遵照全国教育工作会议的精神和《高等教育法》的规定，尊重并维护学校依法自主办学的权限，并进一步创造条件，推进和支持学校深化校内管理体制改革，建立自主办学与自我约束相结合的运行机制。
2004年10月12日～13日，中科院第四次中国科大发展工作会议暨中科院、教育部、安徽省政府继续重点共建中国科大协议签字仪式在北京隆重举行。全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥，教育部部长周济和安徽省委副书记、省长王金山，分别代表中科院、教育部和安徽省政府签署了继续重点共建科大协议。
2009年3月11日，白春礼、周济和王三运分别代表中国科学院、教育部和安徽省人民政府在北京签署关于持续重点共建中国科大的三方协议，决定在2009年至2013年持续重点共建中国科大，努力将中国科大办成世界一流研究型大学。
三、合肥经济技术学院并入中国科大
根据我国高等教育管理体制改革和布局结构调整的有关精神，教育部批复同意合肥经济技术学院并入中国科大，同时撤销合肥经济技术学院的建制。1999年12月18日，中国科学院、国家烟草专卖局在合肥召开中国科学技术大学与合肥经济技术学院合并暨中国科学技术大学经济技术学院成立大会。中国科学院副院长白春礼，国家烟草专卖局局长倪益瑾、副局长潘必兴、安徽省委副书记、省长王太华、省委副书记方兆祥，副省长黄岳忠、省政协副主席张润霞等省部领导和清华大学、哈尔滨工业大学等兄弟院校代表出席了大会。中国科学技术大学与合肥经济技术学院合并是推进和深化我国高等教育管理体制改革、促进产学研结合和实现教育资源优化配置的重大举措，不仅有利于中国科学院发挥科教优势，开展知识创新和技术创新活动，而且有利于烟草行业的人才培养、技术开发和科技攻关，也有利于两校重组教育资源，实现优势互补，增强办学实力，提高办学效益，增强竞争能力，同时，对于安徽省高等德育整体水平的提高和社会经济的发展也具有重要的意义。
四、“全院办校、所系结合”进入新阶段
2000年3月1日至5日，中国科学院在北京召开第三次中国科学技术大学发展工作会议，研究部署中国科大在21世纪初建设高水平大学和改革与发展工作。中科院院长路甬祥、副院长白春礼和中国科大党委书记汤洪高、校长朱清时等领导及中科院与中国科大有关部门负责人参加了会议。会议充分肯定并高度评价了中国科大40余年的办学成就，认为中国科大不仅是国家培养高级科技人才的重要教育基地，而且也是中科院的一个规划宏大、实力雄厚、学科齐全、充满活力的综合科研基地。会议审议并原则同意《中国科学技术大学建设世界知名的高水平大学规划》，赞同并支持中国科大提出的在21世纪初建设世界知名的高水平大学的总体目标，并就中国科大的各方面工作提出了重要的指导性意见。会议决定，中国科学院将从加强领导、宏观管理、支持学校深化改革、加大经费投入、支持进入中科院第二期知识创新工程等方面，进一步加大对中国科大建设与发展工作的支持力度。这次会议，是在世纪之初中国科大全面实施高水平大学建设的关键时刻召开的一次重要会议，对于中国科大在21世纪初的建设及其以后的长远发展，都具有十分重要和深远的意义。
2003年11月30日，中国科学院“全院办校、所系结合”座谈会在我校召开。中科院有关部门及各研究院所领导和我校代表共100多人参加了会议。与会代表结合《中国科学院关于支持中国科学技术大学贯彻新形势下“全院办校、所系结合”办学方针的意见》（征求意见稿）展开了热烈讨论，对新形势下加强科研与教育的结合，充分发挥各自优势，全面提高中国科学院人才培养、科学研究和服务社会的水平提出了许多建设性意见和建议。会上，中科院数学与系统科学研究院、上海生命科学研究院分别与我校签订了院校合作协议，北京空气动力研究所崔尔杰院士、福建物质结构研究所所长洪茂椿院士、大连化学物理研究所所长包信和研究员分别被聘任为我校工程科学学院院长、化学系主任、化学物理系主任。这次座谈会的召开，推动了中国科大和各研究所探索建立“互动双赢”的合作关系。标志着“全院办校、所系结合”的办学方针开始被赋予新的内涵。
2004年2月27日，学校成立“全院办校、所系结合”实施工作领导小组。3月3日，领导小组召开第一次全体会议，研究部署“全院办校、所系结合”工作。3月9日，中科院印发《关于支持中国科学技术大学贯彻新形势下“全院办校、所系结合”办学方针的意见》，明确新形势下“全院办校、所系结合”工作的指导思想，对做好“全院办校、所系结合”工作提出了具体的要求。之后，学校于该年度先后与长春光学精密机械与物理研究所、长春应用化学研究所、合肥物质科学研究院、南京分院、上海分院、武汉分院、长春分院、成都分院、兰州分院、广州分院、沈阳分院、政策与管理研究所、西安分院、昆明分院等院属单位签署了全面合作协议。
在2004年10月召开的中科院第四次中国科大发展工作会议上，我校汇报了全面深入推进“全院办校、所系结合”工作的进展和进一步探索优势互补、互动双赢的合作新模式的思考与建议。中科院上海分院、数学与系统科学研究院、大连化学物理研究所、长春光机与物理研究所和我校理学院、生命科学学院、信息科学技术学院分别介绍了本单位开展“全院办校、所系结合”工作的主要做法、进展和经验，以及进一步推进此项工作的具体思路和建议。此次会议研究了中国科大的发展定位与目标、面临的任务及存在的困难和问题，讨论和审议了中国科大2004～2018年总体发展战略规划，并对新形势下全面深入推进“全院办校、所系结合”工作进行了研究和部署，对中国科大的一流研究型大学建设和长远发展具有重要的指导意义。
2006年，学校又先后与广州能源研究所、上海应用物理研究所签署全面合作协议。学校还和广州生物医药与健康研究院联合成立了医药生物技术系，由广州生物医药与健康研究院院长陈凌兼任系主任。
2007年5月14日，中国科学院“全院办校、所系结合”工作会议在中国科大召开。全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥，安徽省人民政府省长王金山，中国科学院常务副院长白春礼，安徽省人大常委会副主任黄岳忠、安徽省副省长田维谦，院机关有关部门领导，院属有关单位领导，中国科学院研究生院领导及有关部门负责人，以及中国科大校领导和部分教师、干部共300多人出席了会议。会议总结了工作中取得的成效和经验，研讨了今后工作的主要方针、思路和举措，表彰了工作先进单位和优秀个人。6月18日，中国科学院下发《关于进一步支持中国科学技术大学在新形势下贯彻“全院办校、所系结合”办学方针的实施意见》，要求院属单位进一步贯彻“全院办校、所系结合”办学方针，加强中国科大与研究院所的结合与合作，实现优势互补、共同发展。《意见》就推动“全院办校，所系结合”办学方针的落实提出了28条具体意见。
五、推进世界一流研究型大学建设
2008年9月20日，中国科大迎来50周年校庆。学校隆重举行建校50周年纪念大会。中共中央政治局委员、国务委员刘延东发来贺信。贺信中说，五十年来，学校为国家富强、民族振兴和国家教育科学事业的发展作出了重要贡献，无愧于“科技英才之摇篮”的美誉，希望中国科大为把我国建设成为人力资源强国和创新型国家，为实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献！”全国人大常委会副委员长、中科院院长路甬祥，全国政协副主席、九三学社中央副主席王志珍院士，九届全国人大常委会副委员长、中国红十字会会长、我校原党委书记彭珮云，教育部副部长章新胜，科技部副部长曹健林，清华大学校长顾秉林院士，中国科协副主席赵忠贤院士，中国邮政集团公司副总经理刘明光，郭传杰、朱清时、许武、侯建国等校领导，海内外有关大学校长以及两千多名来自国内外的校友、社会各界朋友参加了大会。
为庆祝中国科大建校50周年，经中国科学院国家天文台提请，国际天文学联合会小天体命名委员会将一颗小行星正式命名为“中国科大星”。 国家邮政局正式发行“中国科学技术大学建校五十周年”纪念邮票。9月20日清晨，学校在东区郭沫若广场隆重举行校庆日升旗暨“中国科大星”纪念碑揭幕仪式，王志珍、彭珮云等为纪念邮票揭幕。同日，学校隆重举行校史馆开馆暨《中国科学技术大学编年史稿》首发仪式，路甬祥、王志珍、彭珮云等出席仪式并为校史馆开馆揭幕，许武、侯建国为《编年史稿》首发揭幕。当晚，学校在大礼堂举行庆祝建校50周年文艺晚会。
9月25日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，向中国科学技术大学全体师生员工和海内外校友祝贺建校50周年。9月27日上午，刘延东亲自将这封贺信带到学校。中科院常务副院长白春礼宣读了贺信。胡锦涛在贺信中指出：“中国科学技术大学半个世纪以来为党和国家培养了一大批科技人才，取得了一系列具有世界先进水平的原创性科技成果，为推动我国科教事业发展和社会主义现代化建设作出了重要贡献。希望中国科学技术大学瞄准世界科技前沿，服务国家发展战略，创造性地做好教学和科研工作，努力办成世界一流的研究型大学，培养造就更多更好的创新人才，为夺取全面建设小康社会新胜利、开创中国特色社会主义事业新局面贡献更大力量。”
2008年9月25日，中共中央组织部副部长李建华在学校全校教授干部大会上宣布，中共中央任命许武为中国科学技术大学党委书记，国务院任命侯建国为中国科学技术大学校长。11月11日，在全校教授、干部大会上，中科院人事教育局局长李和风代表中科院党组宣布了中国科技大学行政领导班子副职任免决定，任命窦贤康、叶向东、陈初升、张淑林为副校长。2009年2月16日，在全校干部大会上，李和风宣读了中科院党组《关于同意中共中国科学技术大学第十次代表大会选举结果的批复》，鹿明、叶向东任校党委副书记。
新一届校领导班子自成立后，认真学习贯彻 胡锦涛总书记致中国科大建校50周年贺信精神，紧紧围绕如何建设世界一流研究型大学这个中心，认真进行内外部调研分析，并通过第十次党代会、七届三次教代会和2009年冬季校务工作会议的广泛深入讨论，形成了学校的发展战略和工作思路。2009年2月6日，中科院召开院长办公会，审议并原则通过了《中国科学技术大学建设世界一流研究型大学的战略思考与发展举措》报告。报告明确了当前和今后一段时期学校工作的指导思想：深入学习实践科学发展观，贯彻落实胡锦涛总书记贺信精神，进一步解放思想，坚持“全院办校、所系结合”和“质量优异、特色鲜明、规模适度、结构合理”的办学方针，坚持“学术优先、以人为本、协调发展、科学管理”的办学思路，创造性地做好教学和科研工作，全面推进和落实以“135”为主题的改革、创新和发展工作思路。具体来说，就是“一个目标”：学习胡锦涛总书记贺信精神，努力办成世界一流研究型大学；“三角协调”：在学校战略发展层面，构建我校目标、管理、资源的协调发展三角形；“五大重点”：把探索“全院办校、所系结合”的新形式和新内容作为人才培养的创新点，把高端人才引进和青年教师培养作为队伍建设的支撑点，把通过系科调整提高学科竞争力和活力作为学科建设的着力点，把围绕国家战略需求、服务区域经济社会发展作为社会服务的立足点，把建立与世界一流研究型大学相适应的现代大学制度作为学校改革的突破点。中科院将在综合改革配套经费、基本建设经费等方面给科大以大力支持，并争取教育部和安徽省的配套支持。路甬祥院长在会议总结时指出：“学校报告中‘一流师资、一流学生、一流学科、一流成果’这‘四个一流’的提法很好，科大建成世界一流大学的目标是有可能争取实现的。”
近年来，国家中长期科技、教育、人才改革与发展规划纲要相继出台，成为科教兴国和建设创新型国家的三大战略部署。与此同时，中国科学院实施“创新2020”计划，着眼于解决关系国家全局和长远发展的重大科技问题，力争在前沿科学、重大公益性科技和战略高技术问题上实现重点突破；教育部则启动“2011计划”（高等学校创新能力提升计划），旨在以培育组建“协同创新中心”为载体，大力推进高校与高校、科研院所、行业企业、地方政府以及国外科研机构的深度合作，充分释放人才、资本、信息、技术等创新要素的活力。而安徽省则实施了《皖江城市带承接产业转移示范区规划》，并稳步推进“合芜蚌自主创新综合配套改革试验区”建设。所有这些国家、行业、区域发展的重大战略部署和战略机遇，为我校加快推进一流研究型大学建设提供了难得的机遇。
2008年，新一届校领导班子上任后，经过广泛讨论、集思广益，制定出创建世界一流研究型大学的行动计划和“十二五”发展规划，坚持“全院办校、所系结合”和“质量优异、特色鲜明、规模适度、结构合理”的办学方针，坚持“学术优先、以人为本、科学管理、协调发展”的办学思路，坚持“数量服从质量和有质量的发展战略”，坚持以“改革、创新、发展”为主题、以“育人、引人、用人”为主线的工作格局，按照“135”创新发展工作思路，以更加开放的格局、更加合作的胸怀和更加积极的态度，全面推进各项工作进程，取得显著成绩。
目前，中国科大全体师生员工正进一步统一思想，群策群力，创新发展思路，积极推进世界一流研究型大学建设，规划通过20年的努力，在2028年建校70周年之际，努力实现跻身世界一流研究型大学行列的宏伟目标。
